Notre histoire débute sur une île inconnue de tous, tous sauf du Raïkage et de son frère, Killer Bee. Cette parcelle de terre est l'endroit où le Jinchuurikis de Hachibi et son ainé s'entrainaient sans relâche afin de progresser, atteignant leurs niveaux actuels. Ce lieu, c'est là où Naruto Uzumaki, jeune Jinchuurikis de Kyûbi, avait été envoyé pour se perfectionner. Killer Bee, ayant accepté d'entrainer le jeune Shinobis, l'emmène alors dans un temple sacré, destiné à la maitrise des bijuus. Dans l'enceinte du lieu sacré, Naruto fait face à Kyûbi dans son esprit et livre un combat acharné. Killer Bee, quant à lui, aide le jeune blondinet à vaincre le démon qui, plus tard, ferait la toute puissance de son nouvel ami. Yamato, lui, est prêt à canaliser l'énergie négative que dégage le démon. Tout semble alors bien se dérouler. Pendant ce temps, Kabuto fait face à Uchiha Madara, alias Tobi, et lui fait une proposition. Il use alors d'une des techniques interdites, le Endo Tensei, ramenant à la vie Sasori, Deidara, Itachi, Nagato et Kakuzu comme l'avait fait Orochimaru pour le Shodaime, le Nidaime et le Yondaime lors de son attaque contre Konoha. Il arrive alors à créer la surprise et la panique chez Madara, lui dévoilant un autre corps, encore inconnu pour nous et connu seulement des deux personnages. Le chef du clan Uchiha accepte alors la proposition de l'ancien disciple du défunt Sanin à contre-cœur, devant lui livrer le corps de Sasuke à la fin de la guerre et accepter Kabuto dans son organisation, ce dernier affirmant pouvoir l'aider.

Tout le monde semble alors oublier un homme, un Shinobis faisant parti de l'organisation de la Lune Rouge. En effet, tout le monde pense que Hoshigaki Kisame est décédé, tué par les mains du Raikage et de Killer Bee. Finalement, l'on s'aperçoit que Zetsu avait pris son apparence et que l'épéiste s'est caché dans Samaheda, épée que Killer Bee a dérobé au membre de l'Akatsuki, le pensant mort. Pendant que Naruto tente de contrôler Kyûbi, Kisame en profite alors pour sortir de sa cachette et fait face à Killer Bee pour la seconde fois mais cette fois-ci, il était prêt à vaincre le Jinchuurikis. Il arrive alors à le vaincre, l'assommant au final pour le ramener au repaire de l'Akatsuki. Yamato tente donc à son tour de se battre contre Kisame mais en vain, celui-ci se fait vaincre à son tour, laissant seulement Naruto qui, suite à son affrontement contre Kyûbi, tombe dans le comas, dans un état de mort clinique. Kisame tente alors d'attraper Naruto pour le ramener à la base, pensant avoir accompli sa mission haut la main. Mais, sans qu'il ne s'en aperçoive, le chakra de Naruto crée une sorte d'illusion, le protégeant et faisant croire à Kisame que ce dernier ne respire plus, que son pouls ne bat plus, bref, qu'il est mort. Kisame abandonne alors le corps du Jinchuurikis, toujours vivant. Yamato, affolé, le ramène au village de Konoha tandis que Killer Bee est amené par Kisame à l'Akatsuki, plus précisément à Uchiha Madara.